19年后，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）再次起程，旨在将埃克托王国丢失的水晶骷髅头骨偿还原地——传说中，偿还圣物者将被赐予巨大力气。　　在琼斯的老友奥克斯发现水晶头骨前，这一切还仅仅传说。可奥克斯之后却不知何以丧失了心智，并落入苏联特工队的手中。为首的冷漠女间谍艾瑞娜（Cate Blanchett饰）深深着迷于所谓的神秘力气，她胁迫琼斯一行人与其共同前往亚马逊流域，找寻失落的黄金城埃克托王国。　　在秘鲁密林，琼斯等人和苏军展开淋漓尽致的战斗，其间还伴随着沼地、食人蚁、原始土著进犯等致命威胁，在他们历经千难万险，终究踏入密室的那一刻，世界上最奇特的现象出现了……