卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将履行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力激动的方案。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的回忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后嗣，他们寻找的是可以控制自在毅力的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不甘愿地操作着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代国际的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆·林奇，提示他艾伦有或许动机不纯之后，卡勒姆·林奇开端重新考虑他的行为和动机，而人类自在毅力的命运也变得悬而未决……