1937年，日军入侵南京，战火中，六朝古都化为废墟，很多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教导队余部在长官李教官（佟大为 饰）指挥下，从日军手中救出了一批教会学校女学生，而李教官等人，至此丧失了出城的机会。幸免于难的书娟（张歆怡 饰）等学生返回文彻斯特教堂，随她们一 起来到的，还有受雇远道至此收敛神父遗体的美国人约翰·米勒（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）。此刻的南京城中，避祸的人们蜂拥进安全区和教堂寻觅庇护，十四名风尘女子强行进入教堂流亡，其中通晓英语的玉墨（倪妮 饰）期望借助约翰的身份为一行人供给更多维护。教堂的墙壁，并不能阻挡日军的铁蹄，教堂内的人们，将面对孰生孰死的挑选……