故事首要叙述了几世前一位默默无名的小药童，不肯与无良药商同流合污，用生命看护药草，最终药草吸附了药童的鲜血有了灵性。几世轮回，以钩藤为首的四味药草（钩藤、曼罗、水苏、豆蔻）幻化为药灵，有了人的容貌，他们必须再次寻找到一位诚心驭药人，用鲜血滋养药身，才干真实修炼成仙。而一旦他们成仙，世间也便再无这味药草。云来镇小药师林东笙，心怀济世之梦，努力寻找这四味绝迹药草治病救人。在双方互相寻找的过程中，曼罗等终于发现林东笙即前世用命看护自己的种药小子，想要回报时，却被与林家世代结仇的刘虎设下诡计，陷害林东笙故意下毒，引来官府及药灵谷的双重追杀。曼罗为保护林东笙不吝与钩藤、水苏等决裂，在拯救苍生与自我获益之间，每个人都面临着重要抉择……