穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者绑架，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉恳求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻觅搭档，孤枪侠也参加进来。FBI高层则派出捕快约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助查询，但两个人的初度会晤不欢而散。　　查询局发现穆德的单位密码和信誉卡在失踪后的几天都有运用纪录，甚至发现了刻有穆德生卒年月的石碑。多格特认为穆德伪装失踪，以便盗取材料单独查询。案情愈加错综复杂……