阿力和贝贝都是优秀的科研小潜艇，他们是一对非常好的拍档，在《潜艇总动员》中，他们共同完成了很多次的训练和使命，这一次，两个小家伙将面临什么样的奥秘而有趣的挑战呢？　　著名的海洋研究学家及水下考古考古学家苏红博士具有四枚加勒比海盗藏在深海中的上古勋章的仿制品，四枚勋章别离代表了才智、勇气、友谊和正义。这一天，苏红博士召集阿力和贝贝，交代他们假如可以完成一项使命将会获赠一枚勋章，假如可以收集齐四枚勋章，小家伙们将获邀去泉州参与海洋博物馆的开幕仪式，并将取得博士赠送的奥秘奖赏，这让小潜艇们激动不已，跃跃欲试！　　阿力和贝贝和海上摩托艇蛙蛙、宠物猴淘淘、海上单脚滑行艇石头等小伙伴一同，团结合作、不畏困难，相继出色完成了地中海埃及女王皇冠搜索、北冰洋佩斯号残骸搜索、阿拉伯海古城石板搜索、整合沉船文物保护的使命，陆续取得博士颁布的四枚勋章并回到泉州，阅历惊险的搜索后找到郑和沉船的船锚，把这珍贵的文物作为礼物送给即将开幕的泉州海洋博物馆。　　小潜艇们不负众望完成了苏红博士交给他们的一切使命，苏红博士实现自己的诺言，她安排在泉州海洋博物馆开幕式上，燃放了小潜艇形象的烟花作为惊喜奖赏。　　经过海洋探险的阅历，小潜艇们不只变得愈加老练、勇敢、团结、合作，还了解到悠长的海洋文明、学会了海洋文物保护等很多有用的知识，然后成为真实的潜艇小英雄！