《无主之战》叙述了明朝中期皇帝在内阁和东厂的钳制下不能上朝理政，以东厂太监张鲸为首的宦官集团和内阁首辅大臣王佐为首的内阁集团争权夺势，锦衣卫大总管赵崇禧夹在两派中心保持中立，坚持忠于皇上，可是锦衣卫早已被两派安插了多名内奸。一场明着发生在锦衣卫南北镇府司之间，背地里宦官和内阁之间的争斗开始打开。