将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟因为没有了敌人，于是不再想以往相同一同战斗，而是各安闲喜欢的领域内钻研，以往一同行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！　　这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯目的降服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的戎行，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种漆黑势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！　　神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向漆黑势力反击！