在百子成功渡过地表入侵，山地基因危机，Ari智能危机以及天幕辐射危机的5年后，天空人和小oHeda领导的地表人又回到了地上。　　在重建家园的时候，意外发现大战前美国国防树立的海底智能化基地因为备用供电终止，浮出水面。　　在探索后发现，基地并没有幸存者。　　在修好了供电设备后，天空人进入了海底基地的控制系统，原来这是在暗斗时期就开始研发的太空战基地，之所以修在海底是为了安全和保密。　　海底基地能够接入还在运行的军事卫星，意外发现美国现已偷偷和世界的神族文明取得了联络，神族文明的交际舰队已在百年前动身，现在已进入银河系的边缘。　　神族文明发现地球文明现已不复存在。　　同时ari当时备份在世界空间站的系统过错判定神族文明的来意，期望他们能帮助人类重建家园。　　但是神族文明却已开始了殖民地球的计划。　　交际舰队的任务是消除地球残留文明树立新的次序。　　天空人和地表人将怎么使用地球倒退的文明打败世界神族将是本季的亮点。　　根本剧情设定，神族文明也是碳基生物，具有和人类类似的外形，其兵器也是根据量子力学开发的，只不过比人类当年科技全胜的要先进。　　神族文明当年和地球文明相互发现后，认为地球文明的科技具有爆炸性，未必能在到达地球后仍坚持技能领先，不过因为对于不知道世界的猎奇，他们派出了2艘星舰和1w名神族战士的交际舰队。