前人类和一般人类的人种战争现已到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清本相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法按捺体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、国际（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，不计其数的八尺乌遮天蔽日，被愿望所分配与荼毒的国际迎来了消灭时刻。　　在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻挠国际的灭亡？