掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，奥秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，私自执行猎杀方案的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）萍水相逢。当麻将美玲带回未详系，原本现已死去的阳太一十一（神木隆之介 饰）竟从容现身于她们面前。极力限制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目击美玲匆忙留下“一定要阻挠法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。　　在阳太的歹意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者缝隙之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若有若无，黑暗来临的未来是否终将无法防止？