故事是发生在Milo与Kida留在亚特兰提斯之後的事情。几艘货船途经亚特兰提斯北方的海面遭受进犯，於是Milo  、Kida跟随来访的探险小组一起展开查询，却发现进犯者并不是机器龙虾，而是其他奥秘的力量。渡过这次危机之後，Kida  为了找出魔幻水晶最适合的安排方法，便和  Milo  与探险队员踏上旅程，她要查出为何最初她父亲要把水晶隐藏起来，害他们的文明差点毁灭。他们也要做出决定，究竟该把魔幻水晶拿来运用呢？仍是将其永远隐藏起来？