延续前一集的剧情,狮子亚历克斯(本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音)、斑马马蒂(克里斯·洛克 Chris Rock 配音)、长颈鹿迈尔曼(大卫·休默 David Schwimmer 配音)、河马格洛里亚(贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音)以及企鹅们,为了能脱离马达加斯加岛回到五光十色的纽约,对一架寒酸的失事飞机进行维修改造,并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时,飞机却意外下降,迫降到了非洲大草原上。在这儿,狮子亚历克斯终于见到了它的爸爸妈妈。可是由于生活习性上太多不一样,并且言行举止各异,使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们,在这野外艰难的环境中应该怎么办?虽然在这儿遇见了自己的同类,但由于习性不同,使得自己无法完全融入他们的集体。为了能融入环境,与同类们树立良好的联系,大家都是发挥各种招式,笑料百出。