衔接上季。忍者们离开神秘岛，但妮娅的水系元素忽然失掉了操控，在寻找问题之时，忽然收到来自海底的一个能量波，所以闯入了水下五千英寻的无尽大海神殿，里面生活着许多海怪（莫罗匹恩人），他们被一个叫特里玛的章鱼怪领导着，可是他的儿子卡尔玛却心里邪恶，他决议用两个护身符（风暴护身符和波浪护身符）来唤醒海上巨蟒“沃杰拉”，来造出惊人的破坏力。卡尔玛为了完成计划，害死了他的爸爸并嫁祸忍者，后得到两个护身符，唤醒了沃杰拉，水淹忍者城。忍者城居民的处境非常风险。本多玛击碎卡尔玛的权杖，卡尔玛失掉对沃杰拉的操控，被沃杰拉吞食。妮雅为了击败沃杰拉，不管本身与海洋融为了一体，终究打败了沃杰拉，妮雅将海水带出忍者城，自己也留在了海水中。