衔接上季。忍者们离开神秘岛,但妮娅的水系元素忽然失掉了操控,在寻找问题之时,忽然收到来自海底的一个能量波,所以闯入了水下五千英寻的无尽大海神殿,里面生活着许多海怪(莫罗匹恩人),他们被一个叫特里玛的章鱼怪领导着,可是他的儿子卡尔玛却心里邪恶,他决议用两个护身符(风暴护身符和波浪护身符)来唤醒海上巨蟒“沃杰拉”,来造出惊人的破坏力。卡尔玛为了完成计划,害死了他的爸爸并嫁祸忍者,后得到两个护身符,唤醒了沃杰拉,水淹忍者城。忍者城居民的处境非常风险。本多玛击碎卡尔玛的权杖,卡尔玛失掉对沃杰拉的操控,被沃杰拉吞食。妮雅为了击败沃杰拉,不管本身与海洋融为了一体,终究打败了沃杰拉,妮雅将海水带出忍者城,自己也留在了海水中。