经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本收养了义女唐井(恰巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人)，并传授了她有关忍者的全部，或许是考虑到地球科技的开展让他即将或许回到太空，所以他将唐井立为自己的继承人，并告知了她自己是外星人的全部本相。随后跟从地球上其它流亡阿特姆的音讯，阿特姆施莱德转战来到了美国，而且很快具有了纽约市长颁发的城市金钥匙，成为纽约最大的资产家，腰缠万贯，一起具有全市最高的大厦，而且控制着整个城市的黑势力。　　同一时间里施莱德残暴的杀害了身在美国的守护者滨户良大师，所谓守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者的战士，因为滨户良在此之前曾经几次恳求讨伐过天狗施莱德的五龙忍者裁判所协助打败这名阿特姆施莱德，可是裁判所表示他们只关怀被封印起来的天狗，以为这是施莱德个冒牌货，所以没有必要与其一般见识。这一情况惹恼了阿特姆施莱德，之后因为朋友的背叛，滨户良随阿特姆流亡者们搬运逃离了日本，但终究还是在美国被杀害了。　　侥幸逃脱的滨户良的宠物鼠斯普林特意外的与另外四只乌龟在纽约下水道感染上了由阿特姆所制作的变异液体，变成了接近人形的变异生物，也就诞生了新一代的忍者神龟，斯普林特开端训练这些乌龟们滨户良留下的忍者功夫和常识，期望有朝一日能为自己的主人复仇。2003年的某一天，已经长大并初露锋芒的忍者神龟们总算遇到了他们的宿敌，施莱德企图拉拢神龟之一的李奥纳多为自己服务，可是惨遭失利，露出凶恶赋性的阿特姆施莱德与神龟们开端了第一战，最终在斯普林彪炳手协助下世人合力将其击溃。过了一段日子，施莱德展开了复仇，并将李奥打成重伤，在朋友协助下逃过，安居乐业后神龟们返回纽约与施莱德展开第二次较量，最终施莱德被李奥用腾古之剑砍下脑袋，可是咱们知道这仅仅他的机器外壳，而神龟们的代价则是失去了他们的父亲斯普林特的踪迹……为了寻觅失踪的父亲，神龟们结识了阿特姆流亡者一族而且了解了他们的前史，可是就在这时，施莱德再度呈现了，一番大战后，施莱德露出了他的真面目，目睹阿特姆一族使用传送门逃离地球，千年的复仇方案毁于一旦，施莱德气急败坏的要与神龟们玉石俱焚，而最终神龟们使用传送门逃生，施莱德则在一片爆炸声中消失了踪迹……