《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社上任的故事：菲洛和同伴们通过在星学院的学习，生长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业查核。然而这时，她们意外被卷进一场魔卡精灵的失踪事情。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣奥秘消失，一切事情的背后好像埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和同伴们参加潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。