“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着互相的友谊牵绊、为了寻求各自的愿望完成而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。　　在此当中，呈现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为方针而呈现的谜样机械兵器“共识拓发者”（ガジェットドローン）。为了敏捷对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置可以敏捷对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产干系使命的特别部队——“机动六课”。　　另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷进而几乎丧命之际，由于奈叶的呈现而获救。因为憧憬著好像“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决议。　　四年后，通过一番曲折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校年代的伙伴蒂雅娜·兰斯特一起应战魔导师的升格试验。于远处注视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，跟着宣告试验开端的ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。