三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事情也促成世界电梯恩底弥翁（Endymion）的建造。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）提醒了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。心怀愿望的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会，并有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚，当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序保持部队的介入，无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争行将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密……　　本片依据镰池和马（创作）、灰村清孝（插画）的轻小说改编。