在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人运营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，奥秘安排在地下流转着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而形成很多古怪事情的奥秘安排中心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。应战Dopant们引发古怪事情的翔太郎和菲利普两人，运用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲宗族。　　园咲宗族的意图究竟是什么？假面骑士W、菲利普奥秘的曩昔又是什么？隐含着很多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……