创圣纪0011年的地球，因为11年前的大异变，人类丧失了23的人口。　　南极冰山溶化，1万2千年前消亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械武器「神话兽」连续送入人类的都市，捕获人类，摄取生体动力「Purana」。　　另一方面，人类决计反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入消亡绝地的传说中的武器。Vector Machine通过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。　　要发动Aquarion，需求能与机体的机械生命感应和共识，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的魂灵，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。　　然后，「机械天使Aquarion」合体的时间终于到来…