现为公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音），依照课长荒卷大辅（塾一久 配音）的指示外出查询运输机被神秘并机的事情。成果途中遭到巴特（松田健一郎 配音）带领的武装分子的突击。与此同时，遍布全国的交通管制系统也意外瘫痪。全部源于前七八联合部队的长官曾我和哉（泽木郁也 配音），他因制造难民虐杀事情遭到国家指控，而他的部属深信这全部都是国家诡计。曾我不甘被污，因而试图通过网络揭穿大国的丑行。素子在查询过程中逐渐了解本相，而她也朝着组成自己的部队迈出重要的一步……　　本片为攻壳机动队前传“ARISE”的第二部。