在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战完毕后，人类国际迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长伴随GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗址露露耶，他们再次发现了业已消灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女首领卡美拉（芳本美代子 饰）。入间竭力反对对奇迹的触动，但一点点无法改变上层的决议，终究导致三尊邪神复生，人类再度面对危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。但是邪神指挥其爪牙向人类国际发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当时的危机束手无策。　　三千万年前消灭人类文明的遥远回忆，摧残着重新大古与迪迦奥特曼的神经……