在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然呈现！故事由此开端。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未承认生命体呈现并私自把人类逼入绝地。挡在Smash面前而呈现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着难以想象的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挠在Smash的面前！