半年前的一连串遭受，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并经过连番激战与深锁着很多秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开端，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，全部看似进入了平稳期。克就在某个毫无预兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。　　新的危机，新的对手，全部朝着不行预知的方向发展……