国际受“魔甲虫”要挟，大地遭其占有，人类现在只能住在天空中的浮游都市里。人类傍边诞生出以魔力对立“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称谓的S128特务小队菁英王牌。然而，现在他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻视、讨厌……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收留了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动