一个名为“阿卡姆”的民间安排受到远古文明留下的消息启示而建立。旨在保护及封印超古代文明的风险遗迹。加入“阿卡姆”的特别工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其间实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎 配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力气，于是许多安排都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开剧烈的遗迹争夺战。而其间一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否可以阻止这一张狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？