立山世界高中的白羽由希奈，在三人面谈后追赶暴风雨般离开的母亲·洋海为了送还遗忘的智能手机，朋友荻布美夏也一起到母亲的工作场所黑部研讨所去。在大厅里顺畅的把智能手机交给了母亲，相识的研讨人员、荒俣稔等人说着的话的时候突然火球飞来了，产生的冲击波将研讨所的窗户玻璃震碎了。在警报鸣响的研讨所地基内，身份不明的侵略者同警备员们展开战斗，打算到地下流亡的由希奈的目光停留在了试验室里方块宣布的古怪的光上。　　立山黑部峡谷在构筑大坝时发现奥秘的遗址。为研讨“Artifact”设立了世界联合黑部研讨所。世界各国的首脑集合在研讨所员的孩子就读的立山世界高中。研讨所长的女儿、白羽由希奈也在这里上学。那是2016年的夏天、一名武士再一次复苏。