2005年忽然侵略的世界海贼团“迪斯卡尔”在地球收齐了12个世界胶囊，并利用其力气完成了对地球的降服，整个地球被黑暗笼罩。到了公元2500年，控制地球的世界海贼的子孙“新迪斯卡尔”以地球为基地对多个文明星球发起侵略战争，地球和其他星球的人组成反抗军将一支小型舰队送入虫洞回到2005年，为的是阻挠当年的世界海贼改动前史。而察觉到反抗军动向的“新迪斯卡尔”也派出军队穿越虫洞回到2005年，关系到现在和未来的超时空大战开端了……