面积占东京都西部13、人口超越230万、八成以上由学生组成的学园都市，尖端科技发展迅速，超能力开发已经深入到城市的各个旮旯。超能力水平高达Level 5的御坂美琴（佐藤利奈 配音）如往常相同和初春饰利（丰崎爱生 配音）、白井黑子（新井里美 配音）等老友过着平凡的日子，间或热血爆发挫败各种扰乱城市的阴谋。某天，在调查一起现今卡事情时她邂逅了长点上机学园的布束砥信（叶山郁美 配音），从而得知用美琴的DNA大批量仿制超能力者的“量产型能力者方案”。不安定的气氛在都市旮旯肆意延伸……　　本片为镰池和马（原作）、冬川基（作画）的原作《魔法禁书目录》的外传漫画第二季TV动画。