西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了抢救母星的危亡，开端侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交兵中惨败，一起加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了动摇引擎和动摇炮的设计图纸，并告知地球军本星球具有清除放射能的设备“世界清洗器D”。在与欧洲、美洲失掉联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球供给的技术将沉睡于海底的大和号改造为世界战舰。大和号整体乘员踏上了取回“世界清洗器D”的漫漫征程。