一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟帮手一起也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，所以，3个飞天小女警诞生了！！　　与此一起，那道黑光打到了东京动物园里。一座山公山上的山公变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……