自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之言语”，并树立电脑程式以发动原始索哈尔，进行和上位范畴的U-DO(上位范畴傍边的红色动摇存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位范畴流入下位范畴的能量形成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“丢失耶路撒冷”)简直完从从世界中“消失”，人类因此被迫流亡，脱离地球。　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚抵触事情，在此次事情傍边，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的进犯，并在抵触事情后消失，但事情的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事情后，发动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之言语、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y材料傍边，而Y材料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的认识内，但是这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的抢夺，因此星团联邦政府(游戏中控制各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以维护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在米尔奇亚抵触事情结束后的十几年，也便是大约在游戏EPI开始的时分，其时最大的企业贝克达公司以对立格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战役武器KOS-MOS的开发方案，但和其时多运用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个朴实的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发方案的贝克达公司榜首开发局研究人员卯月紫苑，正乘着其时载有还没正式发动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所进犯，而KOS-MOS也在此刻忽然发动，卯月紫苑因此被卷进一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事情傍边……