某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群奥秘人物劫持，醒来之后发现身处一间奥秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在维护对于日本来说非常宝贵的温泉。但是，横空出世的尘垢达人博士（家弓家正 配音）企图利用“地球温泉方案”将温泉G组完全击垮。　　仅有能够阻挠尘垢达人博士的阴谋的，就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正好处于小新他们家地下。小新一家人决议协助温泉G组的同胞们找到黄金之魂温泉，却遭到了尘垢达人博士的袭击，并且终究沦为俘虏遭受了酷刑。