突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎候的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎候真嗣的，却是是父亲冷漠地命令：驾驭称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战役。本已表示回绝的真嗣，看到重伤的候补驾驭员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战练习的真嗣，准备驾驭EVA初号机迎战使徒。　　不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驭员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面临远超自己才能的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完方案”的神秘方案正在依照他的方案完成。