在与戈鲁戈姆战役后半年，本应取回的平和忽然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想撮合南光太郎作为部下，但光太郎不容许，于是杰克将军便将其变身机能损坏。　　变身机能损坏的情况下，光太郎被扔往世界。在行将变为世界尘土的时分，光太郎被神秘的太阳光线照耀，其体内的帝王石亦产生了改变，光太郎也因而变成了重生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战役。