故事发生在神世纪300年，首要叙述结城友奈是初中2年级学生，她天天在校园里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、游玩的平稳日子。不管怎么看这都是非常普通的女孩的日子日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的当地，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的难以想象的存在有关系，本作正是以描绘友奈等人的“勇者部”的活动为主。