近未来的东京，有着一个为了攫取“最强兵器”而树立的两大安排，以开发最强兵器为意图的导示重工，和经过控制遗传因子来制作优异人类的NSWF。他们的共同意图只要一个，就是得到那个拥有着最强威力、而且只要经过被选中的女性才能操作的终极兵器“WITCHBLADE”。地震灾祸的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人美好的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的呼唤，以及异常严酷的命运……