故事的舞台是互联网系统兴旺的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决战而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却呈现了利用决战来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的方针是将存在于互联网的某处的“AI们的国际=电子界”消灭。但是在国际遭到这样的威胁时，有一名决战者站了出来。而他的姓名正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」运用压倒性的决战将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了国际，然后却忽然消声匿迹了，而他的姓名就在互联网的国际中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻觅曩昔发生的某件事件的本相，对再次在「VRAINS」呈现的「海诺因骑士团」展开了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作曩昔的本相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中