曩昔大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而树立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔、土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，成功缔造日本咒术界的变革，成为现代咒术之父。大战晚期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术典礼以拯救形势，但成果典礼失利，不仅做为执行者的夜光身亡，还强烈地打乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－产生的灵力灾祸，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门子孙，却毫无阴阳师才干，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的幼年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。曩昔曾允下许诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开端转动了起来......