故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中,校长是严厉又寡言的碇原度(立木文彦 配音)。作为校长的儿子,碇真嗣(绪方惠美 配音)感到压力很大。于此一起,来自外国的红发转学生明日香(宫村优子 配音),分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽(林原惠美 配音)都给碇真嗣的校园日子带来了翻天覆地的改变。此外,在原作中高大帅气的初号机,也将以娇小心爱的形象,作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的人物为原型,一改原作沉重严厉的气氛,描绘了轻松愉快的校园日子。制造方首次采用了3D的Q版造型,配以实景布景和2D拼接,造就了多元化的绘画风格。