曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争完结后过了大约300年。　　地球圈失去了至今停止的控制组织，在新的支配系统下，新世界被构筑起来。一时的和平到来，与此同时，远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。　　主人公——少年三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了计划让在地球势力控制下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但，CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的首领，奥尔加·伊兹卡以为这是个时机，并决定对优待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击溃加拉尔霍恩的三日月，利用被当做CGS动力炉来运用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军建议应战。