U. C.0097时期，“拉普拉斯事故”的纷争完结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战役带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它立刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方实力的抢夺狩猎，一场宇宙对决也行将拉开帷幕......