小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和伙伴们持续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着奇特宝物胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴可以制造出奇特的时空圆环，带领我们在不同的地点来回络绎。　　地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场大张旗鼓的奇特宝物战役，亦是由于这场战役，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）集合了，让我们没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕奇特怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的实在身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。