来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京日子的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU安排声势渐渐壮大。某日，在同MU剧烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的普通少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。　　在奥秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月长远（桑岛法子 配音）的女子。MU安排对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个安排的救世主。