自风都塔建立30年以来，风都的和平持续了相当长一段时间。但是就在这个夏天，这座安静的城市再起波澜。一群本应逝世的Dopont突然出现在街头，对周遭进行大肆损坏。左翔太郎（桐山漣 饰）和飞利浦（菅田将暉 饰）合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙（木ノ本嶺浩 饰）则化身假面骑士阿克塞尔，与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在世界间谍查询机关员玛丽亚•S•克兰贝蒂（杉本彩 饰）的帮忙下，正义战士们击退了入侵者，却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的一般市民。从玛丽亚的口中得知，世界重犯大路克己（松岡充 饰）及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体，他们更阴谋占领风都。　　一场剧烈的正邪战争行将展开……