某年的圣诞夜，大批民众集合到某栋大厦门外，反对国家与库赞共和国的纯净水协作计划。与此同时，交通网络以及相关电子体系遭到入侵而全面失灵，随后更有维持治安的警察掏枪射击反对民众。值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）带领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人敏捷打开举动，与恐怖分子和黑客打开连番恶斗。这支特性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子初次邂逅。后者承受荒卷的委托清查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”建立前夕的故事……　　本片根据士郎正宗的原作改编。