本剧以镰池和马所著的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色御坂美琴为主角的别传漫画《科学超电磁炮》改编。　　故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中多半人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。一切学生都承受超才能开发，并大都借由药物、催眠术与通电影响等方式获得超才能。有各种类型不同才能，以范围和威力分为无才能者（Level 0）、低才能者（Level 1）、异才能者（Level 2）、强才能者（Level 3）、大才能者（Level 4）和超才能者（Level5）。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任风纪委员的初春饰利开端......