在亚美斯多利斯期间，爱德华・艾尔利克（朴璐美 饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵 饰）遭受了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之 饰），成果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。依据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的大国古雷达查询。在这里他们的火车遭到奥秘黑蝙蝠的突击，一起也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿（坂本真绫 饰）。一番混乱之后，他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品，而她的公民也决定使用圣星的使用重新复兴祖国与民族……　　本片依据荒川弘的漫画原著改编。