曾几何时，奥秘生物奇居子侵略太阳系，致使人类颠沛流离，只能乘坐行星般巨细的巨型飞船希德尼娅流浪在苍茫世界中。如是过了漫长的一千年，当今希德尼娅的居民们已有一百年未曾遭遇奇居子，不过他们从未放松警惕，培养了一代又一代操纵人形兵器“卫人”的驾驶员。某天，居住在地下的青年谷风长道（逢坂良太 配音）迫于饥饿爬到地面，偷米后被人捉住，后在舰长（大原沙耶香 配音）的授意下成为卫人驾驶员第628期的练习生，在这里他见到了有过一面之缘的善良女孩星白闲（洲崎绫 配音）、友好的第三性人科户濑伊扎那（丰崎爱生 配音）以及高傲刚愎的岐神海苔夫（樱井孝宏 配音）等人。不多，少年们外出履行收集任务，乃至却遭遇百年不见的奇居子。沉寂已久的世界战争再度拉开帷幕……　　本片依据贰瓶勉的漫画原作改编。