市立见泷原中学，又迎来安静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）纵情讨论爱情的论题，享用少女的快乐芳华。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的重生，这个带着些许奥秘气质的女孩让小圆颇感疑问。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声响来自一只浑身伤痕累累的不知道生物，而追杀它的正是晓美焰。危殆时间，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，从而得知那只名叫丘比的生物有可以帮助人变成魔法少女的才能。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话从头编集而成。