市立见泷原中学,又迎来安静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆(悠木碧 配音)和朋友美树沙耶加(喜多村英梨 配音)、志筑仁美(新谷良子 配音)纵情讨论爱情的论题,享用少女的快乐芳华。这时班上转来了名叫晓美焰(斋藤千和 配音)的重生,这个带着些许奥秘气质的女孩让小圆颇感疑问。与沙耶加下学回家路上,小圆听到呼救声,声响来自一只浑身伤痕累累的不知道生物,而追杀它的正是晓美焰。危殆时间,她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美(水桥香织 配音)的帮助,从而得知那只名叫丘比的生物有可以帮助人变成魔法少女的才能。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门…… 本片为魔法少女的剧场版,分三部上映,由TV版12话从头编集而成。